Más recientemente, en la temporada 1999/2000, la Gimnástica batió todos los récords de todas las divisiones del fútbol Nacional, quedando campeona del grupo II de la Segunda División B, siendo el equipo que más puntos logró (78), el máximo goleador (59) y el menos goleado (18). La mala suerte se cebó de nuevo con el conjunto blanquiazul que no pudo alcanzar el tan ansiado ascenso a Segunda División A por un solo gol.
