Fue nombrado mejor jugador joven del torneo y ganó la Bota de Oro con cinco goles y tres asistencias. La mayor diferencia de goles a favor y en contra teniendo en cuenta todos los encuentros del campeonato. El 15 de septiembre de 2009, Müller anotó su primer doblete en la Liga de Campeones en un 3-0 ante el Maccabi Haifa, camiseta del barcelona convirtiéndose en el anotador de un doblete más joven del FCB en la competición reina.
