En la temporada 1999-00 hizo su debut oficial en el primer equipo, de la mano del entonces entrenador, el neerlandés Louis van Gaal, el 2 de octubre de 1999, en partido de Liga ante el Real Valladolid disputado en el estadio Zorrilla. El entrenador Louis van Gaal empezó colocando a Puyol durante dos temporadas como lateral derecho. Puyol inició su carrera profesional integrando las filas del F. C. Barcelona B, donde logró disputar más de 80 partidos.
