Finalmente, tras una quinta temporada consecutiva en la Segunda División de España se alcanza de la mano de Unai Emery, y de manera espectacular, el sueño del ascenso a la Primera División de España. Antes de que empezara la temporada 2004-05, Puyol es nombrado capitán del equipo, habiendo sido elegido por sus compañeros con la aprobación de Frank Rijkaard, sucediendo así a Luis Enrique y Philip Cocu, camisetas del barça quienes dejaron el club la temporada anterior.
