Después del Clásico de Avellaneda con Racing Club, los otros equipos considerados como clásicos de Independiente son versus Boca Juniors, River Plate y San Lorenzo, pertenecientes a los tres equipos restantes de los denominados «cinco grandes del fútbol argentino». En la temporada 2003/04, ya en el grupo II, el equipo acaba en quinta posición y no consigue clasificarse para la fase de ascenso, cosa que sí conseguiría en la temporada 2004/05. Con Fede Castaños en el banquillo, el equipo es eliminado en la primera eliminatoria del play off de ascenso por el Conquense.
