Terminó la temporada con cinco goles en 28 partidos de liga, el cual se coronaron campeones de la temporada 1999-00 de la Bundesliga, también había hecho apariciones consecutivas en la Liga de Campeones hasta las etapas semifinales donde el Bayern Múnich fue eliminado por el Real Madrid. Como nota positiva cabe decir que aquella temporada debutó un joven Sebastián Ontoria, que con el paso de los años se convertiría en el jugador con más partidos en la historia del club.
